Table 1

Selected microbially regulated genes

GeneDuodenumJejunumIleumColon
Myd88+/+Myd88−/−Myd88+/+Myd88−/−Myd88+/+Myd88−/−Myd88+/+Myd88−/−
GFCONV-RGFCONV-RGFCONV-RGFCONV-RGFCONV-RGFCONV-RGFCONV-RGFCONV-R
Chemokines
 CCL5 (RANTES)1.0±0.021.3±0.10.9±0.051.5±0.1*1.0±0.031.0±0.10.4±0.06***0.9±0.11.0±0.053.8±0.3***0.4±0.054.6±0.6***1.0±0.051.4±0.11.0±0.062.5±0.1***
 CXCL9 (MIG)1.0±0.042.3±0.3**0.8±0.041.3±0.091.0±0.091.6±0.2**0.5±0.04**0.8±0.061.0±0.043.7±0.5***0.7±0.042.3±0.07*1.0±0.051.1±0.050.9±0.031.4±0.1**
 CXCL10 (IP-10)1.0±0.11.4±0.20.7±0.061.1±0.051.0±0.081.3±0.090.5±0.01***0.8±0.091.0±0.12.7±0.3***0.6±0.042.1±0.1**1.0±0.11.1±0.020.7±0.02*1.9±0.1***
Barrier function
 SPRR1A1.0±0.21.4±0.31.4±0.22.2±1.21.0±0.041.4±0.31.2±0.061.3±0.041.0±0.50.7±0.10.7±0.090.6±0.011.0±0.093.4±0.3***0.9±0.093.2±0.5***
 SPRR1B1.0±0.061.0±0.071.0±0.051.1±0.11.0±0.031.0±0.051.0±0.041.0±0.021.0±0.11.0±0.051.0±0.071.0±0.031.0±0.061.6±0.07***1.0±0.051.4±0.1*
 MUC21.0±0.011.5±0.06*1.0±0.041.5±0.1*1.0±0.071.4±0.05**1.2±0.071.6±0.04***1.0±0.011.0±0.021.0±0.021.2±0.05***1.0±0.051.2±0.03**1.0±0.031.1±0.01*
 MUC41.0±0.063.4±0.2***0.9±0.092.5±0.1***1.0±0.032.2±0.1***0.8±0.061.9±0.2***1.0±0.022.0±0.05***1.0±0.022.2±0.2***1.0±0.081.5±0.05*0.9±0.071.6±0.2**
 MUC131.0±0.061.3±0.01**0.9±0.061.3±0.03**1.0±0.021.2±0.03**0.9±0.031.1±0.031.0±0.011.3±0.02***1.0±0.021.3±0.03***1.0±0.011.1±0.011.0±0.011.0±0.02
Antibacterial genes
 REG3γ1.0±0.26.5±0.3***0.6±0.023.3±0.3***1.0±0.044.2±0.2***1.0±0.073.6±0.3***1.0±0.031.6±0.05***1.0±0.031.5±0.03***1.0±0.35.2±1.5**0.7±0.061.6±0.2
 REG3β1.0±0.92.4±0.2*0.1±0.010.6±0.091.0±0.57.1±0.4***0.7±0.075.1±0.7***1.0±0.091.6±04***1.0±0.021.4±0.05***1.0±0.45.2±1.5*0.7±0.10.7±0.1
 NOX11.0±0.41.7±0.10.8±0.062.7±0.5*1.0±0.22.0±0.51.0±0.042.7±0.4**1.0±0.22.4±0.4**1.1±0.094.5±0.2***1.0±0.061.2±0.060.7±0.061.5±0.2
 NOS21.0±0.031.4±0.091.0±0.051.8±0.41.0±0.085.2±1.9*1.2±0.063.8±0.61.0±0.059.2±0.6***1.0±0.088.2±0.7***1.0±0.051.3±0.21.0±0.051.0±0.02
 DUOX21.0±0.062.7±0.2***1.1±0.042.0±0.2*1.0±0.095.0±1.21.0±0.097.4±1.6**1.0±0.046.0±0.4***1.1±0.077.2±0.8***1.0±0.0812.1±0.1***1.0±0.051.6±0.2*
 DUOXA21.0±0.051.4±0.10.9±0.051.4±0.21.0±0.053.6±1.21.0±0.096.7±1.7**1.0±0.0210.3±0.8***1.2±0.0914.4±2.3***1.0±0.024.0±0.6***1.0±0.062.6±0.5

  • CONV-R, conventionally raised; GF, germ free. *p<0.05; **p<0.01; ***p<0.001.