Gene | Duodenum | Jejunum | Ileum | Colon | ||||||||||||
Myd88+/+ | Myd88−/− | Myd88+/+ | Myd88−/− | Myd88+/+ | Myd88−/− | Myd88+/+ | Myd88−/− | |||||||||
GF | CONV-R | GF | CONV-R | GF | CONV-R | GF | CONV-R | GF | CONV-R | GF | CONV-R | GF | CONV-R | GF | CONV-R | |
Chemokines | ||||||||||||||||
CCL5 (RANTES) | 1.0±0.02 | 1.3±0.1 | 0.9±0.05 | 1.5±0.1* | 1.0±0.03 | 1.0±0.1 | 0.4±0.06*** | 0.9±0.1 | 1.0±0.05 | 3.8±0.3*** | 0.4±0.05 | 4.6±0.6*** | 1.0±0.05 | 1.4±0.1 | 1.0±0.06 | 2.5±0.1*** |
CXCL9 (MIG) | 1.0±0.04 | 2.3±0.3** | 0.8±0.04 | 1.3±0.09 | 1.0±0.09 | 1.6±0.2** | 0.5±0.04** | 0.8±0.06 | 1.0±0.04 | 3.7±0.5*** | 0.7±0.04 | 2.3±0.07* | 1.0±0.05 | 1.1±0.05 | 0.9±0.03 | 1.4±0.1** |
CXCL10 (IP-10) | 1.0±0.1 | 1.4±0.2 | 0.7±0.06 | 1.1±0.05 | 1.0±0.08 | 1.3±0.09 | 0.5±0.01*** | 0.8±0.09 | 1.0±0.1 | 2.7±0.3*** | 0.6±0.04 | 2.1±0.1** | 1.0±0.1 | 1.1±0.02 | 0.7±0.02* | 1.9±0.1*** |
Barrier function | ||||||||||||||||
SPRR1A | 1.0±0.2 | 1.4±0.3 | 1.4±0.2 | 2.2±1.2 | 1.0±0.04 | 1.4±0.3 | 1.2±0.06 | 1.3±0.04 | 1.0±0.5 | 0.7±0.1 | 0.7±0.09 | 0.6±0.01 | 1.0±0.09 | 3.4±0.3*** | 0.9±0.09 | 3.2±0.5*** |
SPRR1B | 1.0±0.06 | 1.0±0.07 | 1.0±0.05 | 1.1±0.1 | 1.0±0.03 | 1.0±0.05 | 1.0±0.04 | 1.0±0.02 | 1.0±0.1 | 1.0±0.05 | 1.0±0.07 | 1.0±0.03 | 1.0±0.06 | 1.6±0.07*** | 1.0±0.05 | 1.4±0.1* |
MUC2 | 1.0±0.01 | 1.5±0.06* | 1.0±0.04 | 1.5±0.1* | 1.0±0.07 | 1.4±0.05** | 1.2±0.07 | 1.6±0.04*** | 1.0±0.01 | 1.0±0.02 | 1.0±0.02 | 1.2±0.05*** | 1.0±0.05 | 1.2±0.03** | 1.0±0.03 | 1.1±0.01* |
MUC4 | 1.0±0.06 | 3.4±0.2*** | 0.9±0.09 | 2.5±0.1*** | 1.0±0.03 | 2.2±0.1*** | 0.8±0.06 | 1.9±0.2*** | 1.0±0.02 | 2.0±0.05*** | 1.0±0.02 | 2.2±0.2*** | 1.0±0.08 | 1.5±0.05* | 0.9±0.07 | 1.6±0.2** |
MUC13 | 1.0±0.06 | 1.3±0.01** | 0.9±0.06 | 1.3±0.03** | 1.0±0.02 | 1.2±0.03** | 0.9±0.03 | 1.1±0.03 | 1.0±0.01 | 1.3±0.02*** | 1.0±0.02 | 1.3±0.03*** | 1.0±0.01 | 1.1±0.01 | 1.0±0.01 | 1.0±0.02 |
Antibacterial genes | ||||||||||||||||
REG3γ | 1.0±0.2 | 6.5±0.3*** | 0.6±0.02 | 3.3±0.3*** | 1.0±0.04 | 4.2±0.2*** | 1.0±0.07 | 3.6±0.3*** | 1.0±0.03 | 1.6±0.05*** | 1.0±0.03 | 1.5±0.03*** | 1.0±0.3 | 5.2±1.5** | 0.7±0.06 | 1.6±0.2 |
REG3β | 1.0±0.9 | 2.4±0.2* | 0.1±0.01 | 0.6±0.09 | 1.0±0.5 | 7.1±0.4*** | 0.7±0.07 | 5.1±0.7*** | 1.0±0.09 | 1.6±04*** | 1.0±0.02 | 1.4±0.05*** | 1.0±0.4 | 5.2±1.5* | 0.7±0.1 | 0.7±0.1 |
NOX1 | 1.0±0.4 | 1.7±0.1 | 0.8±0.06 | 2.7±0.5* | 1.0±0.2 | 2.0±0.5 | 1.0±0.04 | 2.7±0.4** | 1.0±0.2 | 2.4±0.4** | 1.1±0.09 | 4.5±0.2*** | 1.0±0.06 | 1.2±0.06 | 0.7±0.06 | 1.5±0.2 |
NOS2 | 1.0±0.03 | 1.4±0.09 | 1.0±0.05 | 1.8±0.4 | 1.0±0.08 | 5.2±1.9* | 1.2±0.06 | 3.8±0.6 | 1.0±0.05 | 9.2±0.6*** | 1.0±0.08 | 8.2±0.7*** | 1.0±0.05 | 1.3±0.2 | 1.0±0.05 | 1.0±0.02 |
DUOX2 | 1.0±0.06 | 2.7±0.2*** | 1.1±0.04 | 2.0±0.2* | 1.0±0.09 | 5.0±1.2 | 1.0±0.09 | 7.4±1.6** | 1.0±0.04 | 6.0±0.4*** | 1.1±0.07 | 7.2±0.8*** | 1.0±0.081 | 2.1±0.1*** | 1.0±0.05 | 1.6±0.2* |
DUOXA2 | 1.0±0.05 | 1.4±0.1 | 0.9±0.05 | 1.4±0.2 | 1.0±0.05 | 3.6±1.2 | 1.0±0.09 | 6.7±1.7** | 1.0±0.02 | 10.3±0.8*** | 1.2±0.09 | 14.4±2.3*** | 1.0±0.02 | 4.0±0.6*** | 1.0±0.06 | 2.6±0.5 |
CONV-R, conventionally raised; GF, germ free. *p<0.05; **p<0.01; ***p<0.001.