Elsevier

Biochimie

Volume 69, Issue 8, August 1987, Pages 879-884
Biochimie

Chloramphenicol, erythromycin, carbomycin and vernamycin B protect overlapping sites in the peptidyl transferase region of 23S ribosomal RNALe chloramphénicol, l'érythromycine, la carbomycine et la vernamycine B protègent des sites se chevauchant dans la région peptidyl transférase de l'ARN ribosomal 23S

https://doi.org/10.1016/0300-9084(87)90215-XGet rights and content

Abstract

Using dimethyl sulfate and kethoxal, we have probed antibiotic-ribosome complexes, and identified sites of interaction of chloramphenicol, erythromycin, carbomycin, vernamycin B and viomycin with 23S rRNA. Chloramphenicol, erythromycin, carbomycin and vernamycin B protect overlapping non-equivalent sites in the central loop of domain V. From the known functional effects of these drugs and their protection patterns, we infer that peptidyl transferase is inhibited as a result of binding antibiotics proximal to A-2451, whereas antibiotics bound proximal to A-2058 interfere with growth of the nascent polypeptide chain. Vernamycin B also strongly protects A-752, implying that this region of domain II is proximal to the central loop of domain V. Viomycin, which affects translocation and subunit dissociation, protects U-913 and G-914.

Résumé

Utilisant le diméthyl sulfate et le kethoxal, nous avons sondé des complexes antibiotique-ribosome, et identifié les sites d'interaction du chloramphénicol, de l'érythromycine, de la carbomycine, de la vernamycine et de la viomycine avec le rARN 23S. Le chloramphénicol, l'érythromycine, la carbomycine et la vernamycine B protègent les sites non-équivalents et se chevauchent dans la boucle centrale du domaine V. D'après les effets fonctionnels connus de ces produits, nous déduisons que la peptidyl transférase est inhibée du fait de l'attachement des antibiotques à proximité de A-2451, alors que les antibiotiques proches de A-2058 interfèrent avec la croissance de la chaîne polypeptidique naissante. En outre, la vernamycine B protège fortement A-752, ce qui implique que cette région du domaine II est proximale de la boucle centrale du domaine V. La viomycine, qui affecte la translocation et la dissociation des sous-unités, protège U-913 et G-914.

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