Genotyping HCV isolates from Italy by type-specific PCR assay in the core regionGénotypage de souches de virus de l'hépatite C isolées en Italie, par une méthode de PCR (core) spécifique du type

https://doi.org/10.1016/S0923-2516(98)80002-2Get rights and content

Summary

A revision of the polymerase chain reaction (PCR) core procedure was performed for genotyping hepatitis C virus (HCV) in 139 patients from Italy. This procedure, developed prior to the identification of new genotypes, may be inadequate in several geographical areas. We proposed a new typing mixture in which primers for types 2c and 4, that are reported to be circulating in Italy, were added and a primer for type 2b was substituted. Using the modified procedure, 139 HCV-posrtive patients were analysed. The HCV genotype was identified in 96.4% of the cases. We observed double infections and unclassified genotypes in 5 (3.6%) and 5 (3.6%) patients, respectively. The classification of isolates into genotypes and subtypes 2b, 2c and 4 was confirmed by sequence analysis. Furthermore, the efficiency and accuracy of the modified core procedure were evaluated by parallel testing of 107 out of 139 samples using the line probe assay, and demonstrated a 98.9% degree of concordance. The results demonstrated the specificity of the selected primers for type 2c, 2b and 4 and confirmed the circulation of types 2c and 4 in Italy. In conclusion, the proposed modified PCR procedure is the only primer-specific PCR genotyping method available for identification of the 2c and 4 genotypes reported to be circulated in Italy and other European countries.

Nous proposons un nouveau procédé où les amorces pour les types 2c et 4, qui se répandent en Italie, ont été ajoutées et où l'amorce pour le type 2b a été remplacée. Au moyen de ce procédé, 139 sujets positifs pour le virus de l'hépatite C (VHC) ont été examinés. Le génotype VHC a été identifié dans 94,4% des cas. Nous avons noté 5 fois une double infection (3,6%) et 5 fois un génotype non classifiable (3,6% des cas). La répartition des souches isolées en génotypes et sous-types 2b, 2c et 4 a été confirmée par analyse séquentielle. De plus, l'efficience et la précision de la présente méthode ont été évaluées par une étude parallèle de 107 échantillons à l'aide de la méthode LiPA (line probe assay) qui a révélé 98 % de concordance. Les résultats montrent que la spécificité des amorces sélectionnées pour les types 2c, 2b et 4 et ils confirment la diffusion des types 2c et 4 en Italie. Ainsi cette PCR modifiée s'avère la méthode spécifique d'amorçage préférentiel pour l'identification des génotypes 2c et 4 qui se répandent en Italie et dans d'autres pays d'Europe.

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